重庆市巴南区中医院地处重庆西南部历史名邑巴县，成立于1981年，国家二级甲等中医医院，爱婴医院，重庆市交通事故快速抢救定点医院，城乡居民合作医疗保险、城镇职工医疗保险、工伤保险、生育保险、商业保险定点医院，干部保健定点医院，重庆市中医药行业协会巴南办事处牵头单位，巴南区中医药联盟理事长单位，巴南区中医药学会理事长单位，重医中医药学院、重庆理工大学、重庆医药高等专科学校、重庆市护士学校、重庆市南丁卫生职业学校等教学实习医院，重庆青年职业技术学院教学医院，重庆理工大学研究生（MPA）联合培养基地，巴南区中医药适宜技术培训基地，巴南区中医医疗、教学、科研基地，重庆市卫生单位，重庆市五星级“美丽医院”。
医院占地面积30亩，建筑面积5.2万平方米。现有职工772人，专业技术人员705人，中高级职称415人，博士、硕士73人。重庆市名中医2人（温木生、柯祖祥），重庆市首届基层名中医1人（刘莉），巴南区名中医3人（周定伟、胡清伟、牟琴），全国基层名老中医药传承专家1人，重庆市区县医疗卫生学术技术带头人1人，重庆市区县医学头雁人才1人，巴南区“菁英计划”人才2人，巴南区学术技术带头人及后备人选2人，全国中医药传承人才2人，全国中医护理骨干1人。
医院开设内科、外科、骨伤科（骨伤一科脊柱、骨伤二科关节与运动医学）、妇产科、儿科、针灸（推拿）科、康复医学科、老年病科、肛肠科、皮肤科、眼科、耳鼻咽喉科、感染性疾病科（发热门诊、肠道门诊）、急诊医学科、重症医学科、麻醉科、口腔科、治未病科、营养科、门诊部（国医馆、国医大师传承工作室、筋伤门诊）、基层指导科。其中内科设肺病科·呼吸与危重症医学科、脾胃病科、肿瘤科、心病科、肾病科（含血液透析中心）、脑病科、内分泌科、风湿病科；外科设普外科、神经外科、泌尿外科等临床学科。开设药学部（含临床药学室）、医学检验科、放射科、超声医学科、功能检查科（心功能室、肺功能室、脑功能室）、手术室、病理科、输血科、内镜中心、导管室、消毒供应中心等医技科室。设住院病区16个，开放床位699张。
现有国家级中医特色专科2个（针灸科、骨伤科），市级中医特色专科2个（皮肤科、脑病科），市级中医重点专科5个（针灸科、儿科、皮肤科、肛肠科、骨伤科），区级重点专科1个（康复科），重庆市中医药重点学科1个（针灸学）。名中医工作室9个（国医大师段亚亭传承工作室、国医大师廖品正传承工作站、全国名中医王辉武传承工作室、全国基层名老中医药专家温木生名中医传承工作室、中国中医科学院名医陈枫传承工作室、重庆市名中医文仲渝传承工作室、重庆医科大学教授蒲晓东工作室、重庆市名中医柯祖祥工作室、四川省骨科医院郑氏中医骨科流派传承工作室）。区级质量控制中心3个（针灸理疗、中药药事管理、中医护理质量控制中心）。市级中医优势专科建设单位3个（中医风湿病科、中医肛肠科、中医皮肤科）。建有卒中、胸痛、创伤三大急救中心，建成四川省中西医结合近视防治中心分中心，重庆肿瘤医院中医肿瘤规范化诊疗基地，河南省洛阳正骨医院（河南省骨科医院）骨伤专科、重庆市肛肠专科、重庆市内分泌糖尿病专科、中国西部创伤专科、西南风湿免疫病专科、重医附二院创面修复专科、成都中医药大学附属医院（四川省中医院）针灸学专科联盟建设单位。
医院配备1.5T磁共振、64排螺旋CT、DSA血管介入手术系统、光学相干断层扫描仪、四维彩色超声诊断系统、电子胃肠镜、电子动态频闪喉镜系统、全自动生化分析仪、全自动（电）化学发光分析仪、口腔颌面锥形束计算机体层摄影设备、眼前节测量评估系统等检查设备。配备Q开关Nd：YAG激光治疗机、强脉冲光治疗仪、体外冲击波治疗仪、低频脉冲治疗仪、四肢联动康复训练仪、悬吊康复训练器、光脉冲睑板腺功能障碍（MGD)治疗仪等中医诊疗设备。配备超乳玻切一体机、钬激光、关节镜、椎间孔镜、超高清腹腔镜系统等微创设备。
2025年，基本建成中医药特色优势突出、中医药文化氛围浓厚、与巴南区社会经济发展相适应的高质量三级中医医院。