复旦大学附属中山医院厦门医院是福建省、厦门市和复旦大学及其附属中山医院等合作共建的重大民生工程，2020年10月获批成为全国首批国家区域医疗中心建设项目，并于2024年成功获批三级甲等医院资质。医院位于福建省厦门市湖里区五缘湾畔，总占地面积7.12公顷，一期建筑面积17.5万平方米，二期（科教楼）建筑面积3.4万平方米，于2017年8月开业试运行，编制床位800张，现开放720张，目标定位是建成为国际知名、亚洲一流的现代化三级甲等综合性医院。
复旦中山厦门医院始终秉承复旦中山医院“以病人为中心”的精神，倡导“严谨、求实、团结、奉献、创新、关爱”的核心价值观，传承其严谨的医疗作风、精湛的医疗技术和严格的科学管理等优良传统，计划建成集医疗、教学、科研、预防保健为一体的疑难重症诊疗中心、厦门市多点执业示范基地、保健中心、对台医学交流与合作基地、复旦大学厦门医学科学研究和医学人才培训中心、高等医学院校学生实习与教学基地。