始建于1975年，包含光明院区、福田院区、针灸医院和科教中心“一院四区”，下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国际中医药人才培训中心、深圳市中药制剂中心。医院于1995年成为三级甲等中医医院；1998年成为广州中医药大学首家非直属附属医院；2012年成为广州中医药大学第四临床医学院；2019年成为南京中医药大学附属深圳医院。

医院现有职工2327人，其中卫生技术人员2135人，高级职称600余人，国家、省、市名优中医近60人。医院医疗设备总值超过6亿元，拥有多台科研型MRI和CT机、数字一体化手术室、3D腹腔镜、四维高端彩超等高精尖医疗设备。目前，医院年门急诊量200万余人次，开放床位近1000张，年出院病人近4万人次，已成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型综合性三级甲等中医医院，是深圳市中医医疗联盟、深圳治未病联盟、深圳市中医男科医疗技术专业联盟、粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心抗痛风联盟、深圳市中医护理区域联盟牵头单位。