广州医科大学附属第二医院是一所集医疗、科研和教学于一体的大型三级甲等综合性医院，由昌岗院区（院本部）、番禺院区和西院区3个院区组成，附设广州医科大学神经科学研究所、广州心血管疾病研究所，拥有省部共建教育部重点实验室1个、广东省重点实验室2个、广东省教育厅重点实验室1个、广东省卫计委重点实验室1个和广州市重点实验室3个。医院现有职工3706人，开设床位2500张，2017年医院门急诊总诊疗人次303万，出入院病人8万多人次。医院拥有享受国务院特殊津贴专家3人，新世纪百千万人才工程国家级人选1人；卫生部有突出贡献中青年专家1人，广东省有突出贡献专家1人，广东省高等学校“千百十人才培养工程”国家级培养对象1人、省级培养对象2人，广东省优秀青年教师4人，广东省自然科学杰出青年基金获得者1人， 广东省医学领军人才3人，广东省杰出青年医学人才25人，广东省杰出青年中医药人才1人；广州市“121人才梯队工程”第一梯队1人，广州市优秀专家2人，广州市卫生重点人才9人，广州市卫生骨干人才8人；100多人次在省、市学术团体各专业学会担任主任委员、副主任委员。       
我院有国家临床重点专科2个（疼痛科、过敏反应科），是国家住院医师规范化培训基地（27个专业）、国家临床药师培训基地（2个专业）、国家药物临床试验机构（12个专业）。心血管内科、神经外科、重症医学科、神经内科、急诊科、普通外科、康复科、医学检验科、胸外科、肾内科、医学影像科、眼科、内分泌科、呼吸内科、疼痛科、过敏反应科等16个专科是广东省临床重点专科。临床医学专业是国家特色专业、博士学位授权一级学科。