中国科学院大学深圳医院成立于2018年4月，由有60年历史的原光明新区人民医院、光明新区中心医院两个院区及38家社区健康服务中心组成。
目前占地面积约8.5万平方米，建筑面积约14.0万平方米，现有员工3193人（含社康652人），其中硕士以上学历300人，高级职称450人。开放床位1600张。2017年完成门急诊383.78万人次，社康中心总诊疗量188.68万人次。拥有总值7.2亿元的包括数字减影血管造影系统（DSA）、1.5T核磁共振成像系统（MRI）在内的先进医疗设备9300多台。
医院致力打造特色学科团队，整合优势学科构建10个医学中心，各中心主任均由国内领军专业人才担任；设立24个临床医技科室，其中耳鼻咽喉-头颈外科、消化内科、妇科、产科、心血管内科、心胸外科、呼吸内科7个科室被评为区级重点学科。此外引进深圳市三名工程项目三个：引进中国人民解放军总医院口腔科郭斌教授团队；引进四川大学华西医院赵纪春教授血管中心团队；引进浙江大学医学院附属儿童医院赵正言教授儿童保健团队。
并且医院将依托中国科学院大学全国最强的师资力量(344名院士和828名“杰青”科研专家、6039名博士生导师)及其全国最强的科研实力（国科大有17个学科进入全球前1%行列），努力探索构筑以知识创新为基础、技术创新为核心、人才培养为重点的科研教学体系，并大力引进和转化中国科学院系统内外最先进的科研成果，整合提升我院临床学科资源，适时成立临床医学院，以医学精英人才教育与前沿领域研究为核心，科教医融合，在短期内实现跨越式发展。
目前，区政府总投资近40亿元建设的新院区和妇保大楼已经立项， 60个社康服务站点即将相继完成。预计在2020年，将成为拥有4个院区、1家临床医学院、1家转化学院、60个社康服务站、3000张病床的医教研一体的大型综合医疗机构。
未来，中国科学院大学深圳医院将在健康中寻价值，差异中谋发展，借助互联网+、人工智能、以健康医疗大数据为抓手，开展精准医疗，为患者提供个性化的诊疗方案；搭建社区到院区，院区到研究机构及国际知名医疗机构的远程诊疗平台，致力于探索未来的健康医疗模式；发展干细胞与再生医学、细胞治疗等未来医疗技术，为人民群众的健康提供全方位全生命周期的服务。医院将立足深圳，放眼大湾区，致力成为国内一流、国际知名的研究型医院。