衢州市妇幼保健院是一所三级乙等妇幼保健院，始建于1952年。医院目前是“浙江大学衢州妇幼医联体”成员单位、“衢州妇幼医院集团”牵头单位，是浙江大学医学院附属儿童医院衢州分院、浙江大学医学院附属妇产科医院衢州分院，是浙江省儿童早期发展示范基地、衢州市妇幼保健业务指导中心、产科急救管理中心、新生儿急救中心、新生儿疾病筛查管理中心、产前诊断中心、辅助生育中心。医院现设6个病区，开放床位300张，现有职工400余人，卫技人员338人，其中高级职称64人。
医院妇产科学是浙江省市共建医学重点学科，妇产科暨生殖医学科技创新团队是市重点创新团队，新生儿科为市级重点学科，产科、儿保科为市级重点建设学科，建有浙江大学医学院附属儿童医院舒强院长儿科专家工作站和浙江大学医学院附属妇产科医院林俊院长妇产科专家工作站。
医院以“守护妇女儿童健康”为核心使命，实施“科教兴院，特色发展”战略，按照“做大妇科，做强儿科，做精产科，培育专科”的发展思路，致力于为全市妇女儿童提供提供优质高效、与社会经济发展相适应的医疗保健服务。医院学科优势突出，专业特色鲜明。现设妇科、生殖内分泌科、产科、高危产科、儿科、新生儿科、儿童生长发育科、妇女保健科、儿童保健科、外科、内科等专科。　　　　
妇科开设有妇科门诊、宫颈疾病专科门诊、不孕不育专科门诊等，进行妇科各种疾病的诊断与治疗，开展妇科腹腔镜、宫腔镜微创手术；应用宫腹腔镜手术、药物促排卵、人工授精等手段治疗不孕不育症取得良好的疗效。我市首家生殖医学中心于2012年12月通过评审，开展夫精人工授精技术。
产科是市级重点建设学科，具有一支技术过硬的抢救队伍，对处理各种妊娠合并症、并发症、急危重症以及疑难杂症建立了规范流程，积累了宝贵的经验。建立了孕产妇中央监护系统，对每个待产妇进行实时胎儿监护。开展无痛陪伴分娩、产后康复、新生儿游泳等特色服务项目。
儿科包括儿内科与新生儿科，其中新生儿科是市重点学科，建有市级专家工作站。新生儿监护中心是衢州市新生儿急救中心，拥有先进的医疗抢救设备和一流的专业医务人员，年收治新生儿约1000余人次，年抢救危重新生儿约200余例。在早产儿、极低出生体重儿抢救方面积累了丰富的临床经验，有效地降低了衢州市新生儿死亡率。
小儿内分泌专科对小儿性早熟、矮小、肥胖及其他青春期发育异常儿童提供个体化的治疗方案。并和浙江大学医学院附属儿童医院长期协作，定期邀请儿童医院著名专家、教授来院坐诊。
妇女保健科以群体保健和个体妇女保健为主要职责。群体保健主要从事全市的妇女健康工作，包括全市孕产妇保健业务培训、工作质量监督检查，全市妇幼信息收集和资料分析。个体保健开设婚前孕前保健、孕期保健、更年期门诊、妇女常见病普查等，同时开展优生优育咨询和妊娠期高血压疾病预测等特色服务。
儿童保健科是衢州市儿童保健技术指导中心、市级重点建设学科，承担城区托幼机构卫生保健管理、儿童入园入托体检、0-6岁儿童定期检查、幼师健康证办理、出生医学证明管理等工作。本专科集儿童营养，儿童心理、认知与行为发育，新生儿疾病筛查等亚专业为一体，开展生长发育监测，新生儿疾病筛查，诊断性智力测定，儿童视力筛查和听力筛查等业务。
目前，医院正在按三级医院实施整体迁建，预计2020年6月入驻新院区，建成后占地面积52.87亩、拥有床位500张的新院区将为全市妇女儿童提供更为优质便捷的医疗保健服务。